კვიციანს ბრალი სისხლის სამართლის კოდექსის 223–ე მუხლის პირველი ნაწილით (უკანონო შეიარაღებული ფორმირების შექმნა ან ხელმძღვანელობა) და 315–ე მუხლის მესამე ნაწილით (შეთქმულება ან ამბოხება საქართველოს კონსტიტუციური წყობილების ძალადობით შესაცვლელად) ქონდა წაყენებული.
კვიციანის ადვოკატის, რევაზ კახნიაურის თქმით, ამ გადაწყვეტილების სააპელაციო სასამართლოში გასაჩივრებას აპირებს
“რა თქმა უნდა, ჩვენ ვაპირებთ ამის გასაჩივრებას და სამწუხარო ერთი რამ არის: სააკაშვილის ხელისუფლებამ შეუკერა საქმე, რომელიც არც კვალფიკაციით, არც თვითონ გამოძიებით, არ დასტურდება ემზარ კვიციანის არავითარი ბრალეულობა და დღევანდელმა ხელისუფლებამ ის ასე გაიმეტა,”– განაცხადა რევაზ კახნიაურმა ტელეკომპანია “იმედის” ეთერში.
ემზარ კვიციანი ყოფილი პრეზიდენტის, ედუარდ შევარდნაძის რწმუნებული იყო კოდორის ხეობაში. კვიციანი ვარდების რევოლუციის პერიოდში გადადგა და ნაციონალური მოძრაობის მთავრობის წარმომადგენლების განცხადებით, ხელისუფლებას დაუმორჩილებლობა გამოუცხადა. 2006 წლის ივლისში განხორციელებული სპეცოპერაციის შედეგად კვიციანმა საქართველო დატოვა და წინა ხელისუფლების მიერ გავრცელებული ინფორმაციით, რუსეთში გადავიდა.
საქართველოს პოლიციამ კვიციანის ადგილსამყოფელზე ინფორმაციისთვის 100.000 ლარის ჯილდო დააწესა. მას ბრალი ამბოხებასა და ტერორიზმში ედებოდა. ემზარ კვიციანი 2014 წლის 28 თებერვალს, თბილისში ჩამოსვლისთანავე, აეროპორტში დააკავეს.