პასუხად მინისტრმა განაცხადა: “მთავარი არის, დადგინდეს და ამის დადგენა არ არის ძნელი, როგორც იკვეთება, არსბეობდა თუ არა კაფეში და კაფეს გარეთ მყოფ ჯგუფებს შორის კავშირი, მეტი ამ ეტაპზე მე არაფრის თქმა არ შემიძლია”.
გირგვლიანის მკვლელობის საქმეზე მაშინდელმა შსს-მ ამავე უწყების ოთხი თანამშრომელი – გია ალანია, ავთანდილ აფციაური, ალექსანდრე ღაჭავა და მიხეილ ბიბილურიძე დააკავა. სასამართლოს გადაწყვეტილებით, გიორგი ალანიას 8 წლით თავისუფლების აღკვეთა, ხოლო ავთანდილ აფციაურს, მიხეილ ბიბილურიძესა და ალექსანდრე ღაჭავას შვიდ-შვიდი წელი მიესაჯა. 2009 წლის მარტში კი ისინი პრეზიდენტმა მიხეილ სააკაშვილმა შეიწყალა.
2011 წლის 21 აპრილს ადამიანის უფლებების ევროპულმა სასამართლომ გამოიტანა გადაწყვეტილება გირგვლიანის საქმეზე.
“სასამართლო მივიდა იმ დასკვნამდე, რომ სანდრო გირგვლიანის სიკვდილთან დაკავშირებული გამოძიება აშკარად იყო არაობიექტური, უსამართლო და მიკერძოებული. სასამართლო გამოძიებისას გამოვლენილმა გარემოებებმა ევროპის სასამართლო მიიყვანა იმ დასკვნამდე, რომ საქართველომ არაკეთილსინდისიერად და მიკერძოებულად ჩაატარა მთელი რიგი საგამოძიებო მოქმედებები”, – ნათქვამია სტრასბურგის სასამართლოს გადაწყვეტილებაში.
ამავე სასამართლოს გადაწყვეტილებით, საქართველოს დაეკისრა 50 ათასი ევროს გადახდა გირგვლიანის ოჯახისთვის.