არასამთავრობო ორგანიზაციები აცხადებდნენ, რომ შსს–დან უსაფრთხოების სამსახურის გამოყოფას მიესალმებიან, თუმცა პრობლემები კვლავ რჩება. ასეთ პრობლემებად არასამთავრობოები შემდეგ საკითხებს ასახელებენ: ჭარბი ძალაუფლების კონცენტრაცია, ფუნქციების ბუნდოვანება და დუბლირება; საერთაშორისო პრინციპებთან შეუსაბამობა; უსაფრთხოების სამსახურის მიერ ჭარბი უფლებამოსილების ქონა; გამჭვირვალობის დაბალი სტანდარტი; სუსტი გარე კონტროლი; უსაფრთხოების სამსახურის საქმიანობის საბჭოური ელემენტების შებარჩუნება; ფარული თვალთვალის და მიყურადების პრობლემა.
საქართველოს შინაგან საქმეთა სამინისტროში კი განაცხადეს, რომ არასამთავრობო ორგანიზაციების მიერ შსს–ს რეფორმირებასთან დაკავშირებით გავრცელებული შენიშვნები დასაბუთებასა და ობიექტურობას მოკლებულია.